１９９１年至１９９７年间，李耀祺利用职务便利，借公司发行股票、实行股份制改造之机，以赠送股票、赚取土地差价款、领取奖金、补贴等形式，单独或伙同他人侵吞公款，数额巨大。仅“赠送股票”一项，李耀祺个人的北京瑞海公司就占有１２４４万元；在赚取土地差价款犯罪过程中，李耀祺和两名亲属非法占有４９０４万元。法院同时查明，李在任职期间，还利用职务便利，挪用公款和私分海南港澳实业股份有限公司资产，且数额巨大。

    经海口市中院一审、海南省高院二审和最高法院复核，以贪污罪判处被告人李耀祺死刑，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产；以挪用公款罪，判处有期徒刑１２年；以私分国有资产罪，判处有期徒刑４年、罚金３万元；决定执行死刑，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产。