依照该组织条例，红军部队中的裁判机关与检察机关实行分离原则，在处理军事犯罪案件及与军事有关的犯罪案件时，军事检察所与军事裁判所各自独立行使法定职权。  

　　军事检察所负责对军事犯的侦查、预审和公诉，是完整意义上的检察机关，其职权主要有三项:(一)一切军事犯罪案件都应由军事检察所检察，然后移交军事裁判所裁判;(二)军事检察所代表政府出庭告发;(三)军事检察所有权调查核实证据，询问与案件有关的任何人，并有权调动供执行职务的军队。  

　　军事检察所分为初级和高级，在初级军事裁判所所在地、阵地初级军事裁判所所在地，设立初级军事检察所;在高级军事裁判所所在地，设立高级军事检察所。上下级之间实行垂直领导。在具体的军事检察所内，实行集权制。  

　　在1932年4月中央执行委员会致谭震林《关于<军事裁判所暂行组织条例>的解答》指出:“检查所另有其组织系统，军师各级政治机关与政治委员不能干涉其职权行使，如有不同意，则提向上级直属机关和革命军事委员会解决。”这说明当时军事检察权的行使具备了独立性。  

　　两者在机构设置上都体现出战争时期简便、快捷、因地制宜的机构设置特征。如初级军事检察所设所长1人、副所长1人;高级军事检察所设所长1人、副所长2人;检察员、技术工作人员都不定额，“视军队情形随时增减”。  

　　在职权范围上，初级军事检察所有权接受其所在地的红军各级指挥员、政治委员依法逮捕的军事犯，以及红军的军和军以下各部队、作战阵地各军中发生的违法案件，以及其他与军事有关系的一切违法案件。而高级军事检察所除接受其所在地的各级指挥员、政治委员依法逮捕的军事犯外，还接受红军的军以上各部队和未与中央苏区连成一片的苏区军以上各部队中及与军事有关系的一切案件。  

　　与现代军事检察机关的职能相比，当时军事检察所不具备的职能是批捕，逮捕事项直接由指挥员、政治委员决定。但其他的工作内容则比较一致:例如预审，向法庭提起公诉，出庭控诉军事犯，使用传票、拘票和检察票等等。  

　　军事检察所也承担了一定的反腐任务。红军总政治部颁布的《关于检举问题的训令》指出:“在敌人向我们基本苏区靠近，战争愈加紧张与残酷的关头，把隐藏在部队中的阶级异己分子与不可靠的分子检举出去，这是与巩固部队不可分离的任务。”  

　　当时的《红星报》、《红色中华》等报刊曾报道过十余起军事检察所查处的贪腐分子，如福建军区特务营副政委盗用公款被福建军区军事裁判所给予6个月苦工的处罚案;后方医院某所政委贪污死亡同志遗物和捐助战争经费案、六十四团一营一连长曾传善贪污逃跑案等等。  

　　另一项工作内容是关于“揪抗命、打逃亡”，各级军事检察所都特别注重查处个别指挥员自由行动、违抗命令甚至叛逃等行为，从而保证了军令的绝对畅通。  

　　综合来看，军事检察所当时的主要工作尽管都与战争密不可分，但其中体现的检察职能、“检察权独立行使”等特性都与现代检察精神相契合。  

　　(史实参照:中国检察出版社2009年出版《共和国检察60周年丛书》和2011年出版的《纪念人民检察制度创立80周年丛书》)