追溯历史,专门检察院的建立与发展早在新中国成立初期就已纳入检察机构的设置中。  

　　1954年3月17日至4月10日,高检署在北京召开了第二届全国检察工作会议。这是新中国进入社会主义改造和有计划的经济建设时期召开的一次会议。这次会议在人民检察史上意义重大,它确定了新时期的检察工作方针。会议结束时通过了《第二届全国检察工作会议决议》,决议要求建立和健全各级人民检察署的组织机构,首先充实与健全省(市)以上的检察机构,并加强城市、工矿区人民检察署和有重点地建立铁路、水运沿线的专门人民检察署。根据“宁肯少些,但要好些”的原则选择一批政治上可靠、有一定工作经验和文化水平的干部,加以短期训练充任检察干部。  

　　有了这个工作方针,再加上1954年9月颁布的人民检察院组织法将建立“专门检察院”写入法律中,专门检察院得到迅速发展。  

　　1955年1月,最高人民检察院建立了铁路水上运输检察院,部分地方也相继建立了铁路运输检察院和水上运输检察院。到1956年初,铁路运输检察院的各级机构普遍建立。在15个铁路局建立了铁路运输检察院,在50个铁路分局建立了铁路运输检察分院。  

　　1955年9月2日,根据人民检察院组织法的规定,最高人民检察院军事检察院成立。9月25日,第一届全国人大常委会第二十三次会议任命黄火星为最高人民检察院副检察长兼军事检察院检察长。  

　　到1956年上半年,全国各级军事检察院基本建立起来,设置共分四级:最高一级为最高人民检察院军事检察院;下属大军区(军兵种)军事检察院;军(省军区)军事检察院;步兵师(军分区)军事检察院。在特种兵师设一名检察员。  

　　关于专门检察院的编制,1956年2月高检院制定的《各级人民检察院编制方案(包含勤杂人员在内)》予以通盘考虑,规定各级铁路、水上运输检察院共101个,编制1504人。  

　　现在,按照地区设置和系统设置相结合的原则,军事检察院设置分为三级,即中国人民解放军军事检察院,大军区、空军、海军军事检察院,地区军事检察院、空军军一级军事检察院和海军舰队军事检察院。铁路运输检察院由铁路运输检察分院、基层铁路运输检察院组成,由所在的省、自治区、直辖市检察院领导。  

　　不过,铁路运输检察院现在面临改革。2010年12月7日,中编办、最高人民法院、最高人民检察院、财政部、人力资源和社会保障部、铁道部联合发布《关于铁路法院检察院管理体制改革若干问题的意见》,要求铁路法院和铁路检察院与铁路运输企业全部分离,一次性整体纳入国家司法管理体系,目前各地正在积极完成改制任务。  

　　实践证明,专门检察院是检察机构的重要组成部分。检察机关建构专门检察院,使自身构成了严密完整的组织体系,从组织机构上确保了法律监督职能得以有效行使。  

　　(史实参照:中国检察出版社2009年出版《共和国检察60周年丛书》和2011年出版的《纪念人民检察制度创立80周年丛书》)